在《辐射4》这款游戏中，是否应该灭掉学院是一个有争议的话题，不同的玩家可能会有不同的看法。以下是一些支持灭掉学院和保留学院的理由：
支持灭掉学院的理由：
自视神明，藐视众生
学院在《辐射4》中把自己看成是废土的救世主，但实际上却把外面的人当作下等生命和试验材料。这种自视甚高的态度让人难以接受。
面对辐射，毫无作为
学院在应对废土上的辐射污染问题上表现得无能为力。例如，面对发光海造成的辐射污染，学院没有采取有效的措施来清理，而是依赖其他组织如兄弟会或民兵来解决问题。
利用废土居民作为实验材料
学院把废土居民抓去当作实验材料，这种行为严重侵犯了人权，违背了废土居民的基本生存权利。
师出无名
学院对民兵的剿灭行动师出无名，民兵只是发展壮大，并没有直接威胁到学院的利益，学院却以此为由进行打压。
支持保留学院的理由：
肖恩是圣父
如果肖恩不是圣父，而是换了一个从别的冰柜避难所抱出来的角色，学院的形象和立场可能会有所改变，这可能会影响玩家对学院的态度。
学院有强大的合成人劳动力
学院拥有不怕辐射、劳动力廉价的合成人，这些合成人可以胜任清理发光海等危险任务，从实际角度来看，学院在废土上的生存和贡献是显而易见的。
